崇明县地域独特，隶属屡变。1912年（民国元年）设地方检察厅。1913年10月，崇明地方检察厅被撤销，由县知事兼理。1938年3月，日寇入侵，崇明沦陷，同年4月成立崇明县自治委员会。1940年3月，成立汪伪崇明地方法院检察处。1943年7月，汪伪崇明地方检察处改称崇明地方检察署。1945年8月，抗日战争胜利，恢复县长兼理司法。1946年11月，设立崇明地方法院检察处。这一机构一直延续到崇明解放前夕。1949年4月21日，苏北人民行政公署成立，驻泰州市，并设南通专区，崇明隶属苏北人民行政公署，受南通专区管辖。1950年11月11日，苏北人民行政公署移驻扬州。1951年12月21日，苏北人民行政公署通知正式成立崇明县人民检察署并下发启用印信。1953年1月，苏北行政区、苏南行政区与南京市合并建立江苏省，南通专区属江苏省领导。1954年9月崇明县人民检察署改为崇明县人民检察院。1958年11月，经国务院决定，将江苏省的崇明县行政区域划归上海市管辖，崇明县人民检察院隶属于上海市人民检察院领导。

1949年6月2日，崇明解放。是年10月1日，中华人民共和国中央人民政府成立后，建立人民检察院制度，专门设立人民检察署，作为独立的法律监督机关。

1951年9月3日，中华人民共和国中央人民政府委员会第十二次会议通过了《最高人民检察署暂行组织条例》及《各级地方人民检察署组织通则》，新中国的人民检察制度从此诞生。是年12月21日，根据“中共中央”关于建立检察机构问题的指示精神，苏北人民行政公署通知正式成立崇明县人民检察署并下发启用印信，同时批准任命吴国民为崇明县人民检察署副检察长。是年检察干部只有4人，其中副检察长1人。

1949年——1952年是我国国民经济恢复时期。我院对保护人民利益，巩固人民民主专政，维护党和政府的政策、法令的正确执行起了一定作用。

1953年——1956年是我国社会主义改造时期，四年中根据敌人起伏情况，给予各类敌人有力的打击，批捕起诉了大批反革命分子和其他犯罪分子。

1957年——1958年是思想战线和政治战线上的社会主义革命时期。对大量走私投机倒把、搞地下工厂和黑市等活动，严重影响经济秩序，影响国计民生的安定等违法犯罪活动进行严厉打击。

1959年——1977年检察机关面临了严峻的历史考验。检察院派出大部人员下放到人民公社生产队第一线，在参加劳动生产的同时，参与全县改造77个落后生产队的工作，并针对破坏农业生产以及其他刑事犯罪等活动进行边办案边生产。1966年6月，崇明“文化大革命”开始。自1959起，特别是1966年至1977年这一段时期内，检察工作处于瘫痪状态。

 1978年6月，在经历十年文革冲击后，中共崇明县委研究决定，顾志荣任代检察长。11月16日成立了中共崇明县人民检察院党组，11月29日，崇明县人民检察院新印章启用，12月，崇明县人民检察院重建，内设批捕、起诉、法纪检察、经济检察、监所检察五个组和一个办公室。

 1979年，针对检察机关遭受林彪“四人帮”的严重破坏，县院按照上级的要求，着重抓重建检察院。

1980年，以维护社会主义法制，认真贯彻刑法、刑诉法和全国治安会议精神，促进安定团结，保卫“四化”建设，整顿社会治安，打击敌人，惩罚犯罪，保护人民为重点开展检察业务工作。

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时光任荏，星转斗移。崇明检察历经64载，在历史的长河中属瞬间。忆往昔，步履艰辛、岁月峥嵘，有沧桑、有自豪，可歌可泣；展未来，任重道远、前程似锦，有责任、有义务，奋起即追。面对习近平同志为首的党中央反腐治腐的新要求、新举措；面对新刑诉法修改后的新特点；面对人民群众惩治腐败的强烈要求和迫切愿望，我们必须与党中央保持高度一致，认清形势，不辱史命，再接再厉，为营造一个和谐稳定、风清水净的崇明净土，扬鞭催马，再创佳绩！