崇明检察院立足崇明位于长江经济带和沿海大通道交汇的区位特点，紧扣“一体化”“大保护”两个关键，强化跨区域生态检察制度创新、资源共享、高效联动，共护长江口水清岸美。

一是共建协作机制。与江苏海门、启东检察机关会签《北长江口生态环境资源保护检察协作工作实施意见》，挂牌成立北长江口检察协作办公室，在线索移送、个案会商、信息通报等方面加强常态化协作，探索开展重大项目生产建设等领域预防型公益保护，力争将生态受损苗头问题化解于“未然”，齐心协力筑牢长江口生态安全屏障。

二是共办跨域案件。对涉及跨区域、跨部门监管的案件，主动向最高检争取管辖权，并依托系列检察协作机制，强化跨区域司法联动，联合外省市检察机关、行政机关开展实地调查、启动磋商程序。如在办理最高检指定管辖的东风西沙水源地保护行政公益诉讼案中，商请江苏海门崇明检察院协助调取证据材料，会同江苏南通、海门两级交通部门多次评估过驳作业污染水源地安全风险等级，促成签订磋商备忘录，该案入选最高检服务保障长江经济带发展典型案例。

三是共商前沿问题。举办首届长江口生态检察论坛，邀请高校专家学者、沪苏两地司法实务人员、行政机关人员等，围绕生态环境领域犯罪惩治标准、长江口污染处置难点、跨区域行政执法困境等主题共商共研，并从中聘请生态检察研究基地特约研究员11名，参与日常疑难复杂案件会商、司法理论问题研究等，促进长江口跨区域生态检察协作取得更深更广更实的发展。